学生自治会直結の機関である体育会は、その統括組織である体育会総務委員会と33部で構成され、部員数は1,100名です。

応援指導部は、西南の名誉をかけて闘う選手達の士気を高め応援することを目的とした3つの団体で構成されています。

学術文化会（学文会）は体育会と同じく、学生自治会直結の機関であり、学術文化会総務委員会を中心とし21部で構成され、部員数は、約1,480名と、学生団体として最大の規模を誇っています。

本学のキリスト教活動と密接な関わりをもつ学生団体です。様々な奉仕活動をしたり、クリスマスイベントにも出演したりします。

体育会、学文会、応援指導部所属のクラブ・サークル以外にも、つぎのような公認団体が各々独自性をもって、学生の士気の高揚、相互の親睦、学術研究の向上、国家試験合格などを目指して熱心な活動を行っています。

・フレッシュスポーツ愛好会・ベースボール愛好会・ライフスタイルテニス愛好会...etc

・外国語研究会・西南旅行愛好会・SEINAN SOUND CREATION...etc